Чистокровная ахалтекинская порода, несмотря на то, что размер ее племенного ядра уже превысил минимальный порог численности (1000 маток), однако все еще является породой малочисленной, требующих определенных мер для ее сохранения. Эти меры более чем необходимы в отношении именно этой породы, так как она уникальна по своей древности и оригинальности как в плане экстерьерных и интерьерных особенностей, так и в плане ее приспособительных и рабочих качеств.

Как известно, туркмены не вели племенных записей, и происхождение лошадей передавалось в семьях из поколения в поколение. Тем не менее, в стремлении использовать выдающихся производителей к ним подводили самых разных маток, зачастую применяли очень близкий инбридинг и даже кровосмешение. Это приводило к насыщению породы кровью отдельных выдающихся производителей, таким образом, стихийно формировались линии. Первая систематизация породы была сделана К.И.Гореловым после первого обследования конских ресурсов Средней Азии (1927-1928 гг).

Еще в конце Х1Х века крупнейший ипполог Фирсов, а за ним в начале ХХ века другой крупнейший ипполог В.О.Витт в результате глубоких исследований и изучения исторических и археологических источников пришли к убеждению, что ахалтекинская порода – это самобытная древнейшая конская порода, оказавшая большое влияние на развитие мирового культурного коневодства и по праву должна считаться первой чистокровной породой мира. Даже англичане заносили в свой Генеральный Студбук чистокровных верховых лошадей туркменских жеребцов и кобыл, не имеющих происхождения.

Поддержание генетического разнообразия в ахалтекинской породе – одна из мер для ее сохранения. Многолинейная разветвленная генеалогическая структура породы является подтверждением этому. В породе в настоящее время насчитывается 18 генеалогических линий и 39 маточных семейств.